Место действия GTA 3: The Definitive Edition — город Либерти-Сити, созданный с оглядкой на Нью-Йорк. Либерти поделен на два острова — Портланд (Portland Island) и Стонтон (Staunton Island); также расположение города затрагивает материк, называемый Прибрежная долина (Shoreside Vale). Каждая из трех частей города очень сильно отличается друг от друга архитектурой, доступным транспортом, криминальными группировками, которые контролируют те или иные районы. Сообщение между частями города осуществляется при помощи навесных мостов, метро и подземных автотоннелей.

Временем действия GTA 3: The Definitive Edition принято считать 2001 год. Главный герой — безмолвный преступник по имени Клод (в самой игре его имя ни разу не называется). Он арестован и осужден при попытке ограбить банк. Его сообщница, девушка по имени Каталина подставила его, бросив после ограбления. При транспортировке заключенных на полицейский кортеж совершается нападение. Пользуясь случаем, Клод и еще один зэк по кличке Эйт-болл (8-ball) удирают. Они находят убогую комнатку в одном из бедных районов, которая становится первым прибежищем Клода в этом мрачном городе.

По ходу игры Клоду придется познакомиться со множеством других преступников, среди которых будут криминальные авторитеты разных статусов и рангов. Примечательно, что многие персонажи GTA 3: The Definitive Edition так или иначе появились в последующих играх серии: Тони Сиприани, один из членов семьи Леоне, дающий задания Клоду, является главным героем в GTA Liberty City Stories; Каталина, предавшая Клода, фигурирует в качестве второстепенного персонажа в GTA San Andreas, впрочем, так же как и сам Клод, появляющийся в нескольких роликах на крайне небольшой промежуток времени.

Жанр, в котором выполнена GTA 3: The Definitive Edition, а точнее смесь жанров, предполагает свободу перемещения по большой локации (кстати, впервые в серии была реализована плавная смени времени суток и динамическое изменение погоды) и выполнение различных заданий, которые выдают главному герою второстепенные персонажи. Кроме основных заданий, продвигающих сюжет, в игре есть много дополнительных и необязательных миссий вроде возможности подработки в качестве таксиста.

Перемещение по локации осуществляется не только при помощи ног, но и на автомобилях (их в игре целых 50) и лодках (четыре штуки). Также в игре есть один самолет, который согласно ответам разработчиков был сделан скорее для шутки; создавая игру про автомобили и перестрелки, авторы не думали что игроки всерьез заинтересуются летным транспортным средством. Мотоциклы, велосипеды, вертолеты появились уже в следующих частях, но примечательно то, что фанаты пытались реализовать этот транспорт в GTA 3: The Definitive Edition самостоятельно.

Внушительного размера набор оружия позволяет эффективно отстреливать членов вражеских группировок, или, если кому угодно, обычных жителей. Причем это единственная часть GTA, в которой реализовано расчленение тел — от людей карикатурно отлетают руки и ноги, когда Клод палит в них из ружья. Это не говоря уже о том, что в GTA 3: The Definitive Edition игрок может свободно, украв машину у мирного или не очень гражданина, промчаться по тротуару, сбивая всех прохожих на своем пути. Сейчас таким насилием в играх никого не увидишь, и непонятно, хорошо это, или скорее плохо, однако в свое время эта игра вызвала очень много шумихи и скандалов, компания Rockstar вообще стремилась состряпать себе скандальный имидж.