Гравцеві доведеться побувати в шкурі Агента-2 з організації Office of Secret Actions (OSA), на ім'я Вільям "Бі-Джей" Блацкович, який був головним героєм Wolfenstein 3D. Його було схоплено 17 березня 1943 року і разом з Агентом-1 відправлено до в'язниці в замку Вольфенштейн, де Агент-1 помирає під тортурами.
Основний сюжет розвиватиметься у 3 розділі (Повернення до Замку)