Друге покоління випускалося в 1990 - 1995 р. для європейського ринку, в 1989 - 1997 р. для японського, 1990 - 1999 р., для американського. Оснащувалися моторами 3S-GE (2000 см, 165 л.с., атмосферний) та 3S-GTE (2000 см, 225 л.с., турбо). Після 1993 року було проведено невеликий рестайлінг моделі та збільшено потужність моторів: 3S-GE до 180 к.с. та 3S-GTE до 245 к.с. Друге покоління МR-2 випускалося у двох варіантах кузова: купе та тарга (версія "T-bar roof")