У 1987 році почав випускатися модернізований варіант мікроавтобуса, який одержав позначення РАФ-22038. Цей мікроавтобус використав агрегати від автомобіля ГАЗ-24-10. Зовні РАФ-22038 відрізнявся облицюванням передньої частини з новими фальш-радіаторними гратами та алюмінієвими бамперами з пластиковими бічними секціями. На прототипі 22038, що демонструвався на виставці «Автопром СРСР 60 років» в задній частині боковин розміщувалися вузькі поворотні кватирки, але на серійній моделі був фактично збережений кузов типу 2203. З 1993 випускався РАФ-22039. Ця модифікація відрізнялася підвищеною пасажиромісткістю (тринадцять осіб). Це було досягнуто рахунок скорочення до мінімуму багажного простору. РАФ-2203 був наймасовішим радянським мікроавтобусом.